Marine Zooplankton metabarcoding database

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Overview How To Use : Database How To Use : Search How To Use : Viewer Citation Dependencies

Overview

本システムは海洋における様々な緯度経度、深度の動物プランクトンメタバーコーディングを保有しており、お持ちの塩基配列で検索を行うことで分布を表示することが出来ます。
保有しているメタバーコーディングの領域はミトコンドリアDNAのCOI領域です。
データベースの配列に対してBLAST検索し、ヒットした配列を集計し、各地点の目的配列の割合が算出されます。

How To Use : Database

海洋において各種プランクトンネットで採集された動物プランクトンのCOIメタバーコーディングデータがデータベース化されています。
対象とするのはmlCOIintFおよびjgHCO2198（Leray et al. 2013）または関連するプライマーによって増幅された約300 bpのCOI領域の部分配列です。
Trimmomatic (Bolger et al. 2014)によるクオリティーフィルタリング後、QIIME2（Bolyen et al. 2019）内でcutadapt（Martin et al. 2011）によるプライマー配列の除去、DADA2（Callahan et al. 2016）によるAmplicon Sequence Variant (ASV)の作成を行っています。
得られたASVの代表配列をBLASTのデータベースとし、各メタバーコーディングデータのASVの配列数から目的とする配列の割合を算出しています。

How To Use : Viewer

検索を実行し、計算が終わると結果表示画面に移動します。
表示内容は次の通りです。
地図の見方
左上に操作パネルが表示されます。
右下の「+（プラス）」「-（マイナス）」は地図のズーム機能です。
マウスでの操作も可能です。
位置が近い環境データは円形のマーカーでまとめて表示されます。単体の環境データは四角形のマーカーでの表示となります。
円形のマーカーの数字は環境データの数、色は最も分布の多い地点の色を採用しています。
円形のマーカーをクリックすると地図が拡大し、各メタバーコーディングデータが分離していきます。
地図の拡大が限界になっても円形のマーカーで表示される場合は、クリックするとスパイダー状に単体の環境データが展開します。
四角のマーカーをクリックすると環境データのアノテーション情報と検索結果の値を表示します。
操作パネルの使い方
Back to Search Page 検索画面にもどります。
close/open panel パネルの表示を切り替えます。
Color legend 地図で使用している色の凡例です。
配列数の割合に応じてマーカーの色が変わります。
Fasta 地図に表示する表示する入力配列の結果を切り替えます。
Depth 地図に表示する環境データを指定した範囲の depth で絞り込みます。
depth 情報が登録されていない環境データは other としており、チェックボックスで切り替えられます。
Download CSV 形式で検索結果をダウンロードします。
入力配列ごとにファイルが生成されます。
環境データのアノテーション情報について
location メタバーコーディングデータの名称
longitude 経度（小数点以下 7 桁）
latitude 緯度（小数点以下 7 桁）
depth 深度（単位：m）
sapling date サンプリング日
temperature 温度（単位：℃）
salinity 塩分
sampling gear サンプリングに使用したプランクトンネット
memo その他情報
total sequences サンプルのシーケンス総数
hit sequences 検索でヒットしたシーケンス数
read proportions (%) 検索でヒットしたシーケンスの割合

Citation

準備中

Dependencies

  • Trimmomatic version 0.39
  • QIIME2 version 2024.10
  • NCBI BLAST version 2.13
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